يعتبرأحد قباب المسجد الأقصى وجاءت فكرة بناءه إثر زيارة الخليفة الأموي عبد الملك بن مروان لمدينة القدس، فرأى أن يبني قبة فوق الصخرة؛ تقي المسلمين حر الصيف وبرد الشتاء. وعهد بالإشراف على البناء، إلى رجاء بن حيوة الكندي، من أهالي بيسان، ويزيد بن سلام من أهالي القدس. ورصد لها عائدات ولاية مصر من الخراج لسبع سنوات.
بدأت عملية البناء في عام 66 هجري (685 ميلادي) وانتهت عام 72 هجري (691 ميلادي).
وتتكون قبة الصخرة من قبة قطرها 20.44 متر، متكئة على أسطوانة تشتمل على 16 نافذة، وتتركز الأسطوانة على أربع دعامات و12عمودا منظمة بشكل دائري، بحيث يوجد ثلاثة أعمدة بين كل دعامتين. وتتخذ القبة شكلا ثمانيا يبلغ طول ضلعه 20.59 متراً، وارتفاعه 9.50 أمتار، وهناك تصوينة فوق الجدارين يبلغ ارتفاعها 2.60 متر، ويوجد في الجزء العلوي من كل جدارخمس نوافذ، كما أن هناك أربعة أبواب في أربع جدران خارجية يبلغ قياس كل منها 2.55 م×4.35 م، كما زينت جدرانه من الداخل والخارج بزخارف ونقوش، حيث امتزجت فيها فنون الهندسة العربية الإسلامية مع الفارسية والرومانية.
وبداخل القبة توجد الصخرة وهي عبارة قطعة من الصخر تقع تحت القبة مباشرة طولها ثمانية، أمتار وعرضها 14 متراً، وأعلى نقطة فيها مرتفعة عن الأرض متر ونصف، ويلفها درابزون من الخشب المنقوش والمدهون، وحول الدرابزون مصلى مخصص للنساء.
وتحت الصخرة توجد المغارة، حيث ينزل إليها من الجهة الجنوبية إحدى عشرة درجة، وتأخذ شكلا مربعاً، كل ضلع في المغارة أربعة أمتار ونصف. وما يميز قبة الصخرة، أنها أجمل القباب في العالم الإسلامي بعد طلائها بالذهب الخالص.
ويعتبر مسجد الصخرة تحفة هندسية معمارية؛ لما تحوي جدرانه وأعمدته وأروقته وسقوفه وقبته من نقوش فسيفسائية، ومنحوتات فنية دفعت بالكثير من الباحثين الأجانب إلى اعتباره أجمل بناء في العالم بأسره. وقد سمي المسجد بمسجد الصخرة المشرفة نسبة إلى الصخرة الجرداء التي تتوسط المسجد، والتي يعتقد أنها تبعت الرسول محمد إلى السماء في رحلة المعراج ولكنه أوقفها.