عندما دخل الخليفة عمر بن الخطاب القدس فاتحاً لها، في عام (15 هـ- 636م)، وبينما كان لا يزال داخل كنيسة القيامة، أذن المؤذن للصلاة فدعا البطريرك "صفرونيوس" الخليفة للصلاة داخل الكنيسة، لكنه رفض العرض خوفاً من اقتداء المسلمين له فيما بعد وتحويلهم الكنيسة إلى مسجد، مما يترتب عليه إيذاء مشاعر المسيحيين والنيل من حرية عبادتهم في المكان فتحول الخليفة عمر إلى مكان قريب خارج الكنيسة، حيث أدى فريضة الصلاة ليبني المسلون بعدها مسجداً في تلك البقعة سمى "بمسجد عمر".