بنيت كنيسة مريم المجدلية على يد قيصر روسيا (الإمبراطور الإكسندر الثالث)؛ تخليداً لأمه (الإمبراطورة ماريا الإكسندروفنا)؛ وقد تم تدشينها في العام 1888 في احتفال حضره الأمير سيرجى الإكسندروفيتش وزوجته الدوقة إليزابيث فيدوروفنا.
وتعد كنيسة القديسة مريم المجدلية من أجمل مواقع العبادة في الأراضي المقدسة؛ حيث تقع على منحدر جبل الزيتون، في قلب حديقة الجثمانية؛ وتطل على بلدة القدس القديمة.